とある郊外に荒れた庭のある広大な古い屋敷があった。 その床下で、もうすぐ14歳になる小人の少女・アリエッティは、 父ポッドと母ホミリーと3人でひっそりと静かに暮らしていた。 アリエッティの一家は、屋敷の床上に住むふたりの老婦人、 女主人の貞子とお手伝いのハルに気づかれないように、 少しずつ、石けんやクッキーやお砂糖、電気やガスなど、 自分たちの暮らしに必要なモノを、必要な分だけ借りて来て暮らしていた。 借りぐらしの小人たち。 そんなある夏の日、その屋敷に、 病気療養のために12歳の少年・翔がやって来た。 人間に見られてはいけない。見られたからには、引っ越さないといけない。 それが床下の小人たちの掟だったが、アリエッティは翔に姿を見られてしまう。 「おまえは、家族を危険にさらしているんだぞ」 アリエッティは、父に反発する。 「人間がみんなそんなに危険だとは思わないわ」 アリエッティは、生来の好奇心と向こう見ずな性格も手伝って、 次第に翔に近づいて行く。 アリエッティの家族に大きな事件が迫っていた。 ーーー人間と小人、どちらが滅びゆく種族なのか!?